Quan una base de dades comença a generar recerca

Publicat el setembre 15, 2026 per simonjoan

Aquest retorn de vacances ha estat especialment intens amb ChromoDB. En menys de dues setmanes he fet tres passos que, vistos conjuntament, em fan pensar que el projecte està entrant en una nova etapa.

He començat a utilitzar la mateixa base de dades per generar síntesis citogenètiques pròpies. La primera ha estat dedicada a Nitrariaceae, amb una revisió completa dels recomptes, la taxonomia i la bibliografia disponible. Poc després n’hem publicat una segona sobre Acanthophyllum, un gènere de 82 espècies acceptades del qual només 20 disposen, ara per ara, de dades cromosòmiques localitzades.

En paral·lel, també hem posat en marxa un nou dashboard de revistes, que permet explorar ChromoDB a partir de les seves fonts bibliogràfiques. Per a cada revista es poden visualitzar els registres cromosòmics associats, els tàxons, gèneres i famílies representats, els països d’origen del material estudiat i el grau de verificació de les dades. És una manera nova de mirar la base de dades que, a més de facilitar-ne l’exploració, ajuda a detectar patrons, mancances i possibles línies de revisió històrica de la literatura citogenètica.

Aquestes revisions no consisteixen simplement a recopilar nombres cromosòmics. Obligen a tornar a les publicacions originals, revisar identificacions taxonòmiques, detectar errors de transcripció, valorar recomptes contradictoris i distingir entre dades realment comprovades i cites que s’han anat repetint al llarg dels anys. I, de retruc, cada síntesi serveix també per millorar la qualitat de ChromoDB.

Aquesta és probablement la part que més m’interessa del moment actual del projecte: començar a veure que la base de dades pot servir no només per conservar informació, sinó també per detectar buits de coneixement, plantejar noves preguntes i generar resultats científics.

Durant molts anys he anat darrera un CromoCat que era un encàrrec de la Generalitat: introduir registres, ordenar bibliografia, resoldre taxonomia i anar corregint errors. Ara començo a tenir la sensació que amb ChromoDB, sense deixar de construir, també podem començar a preguntar i publicar.

I aquesta nova etapa em fa especial il·lusió.

Publicat dins de Publicacions | Etiquetat com a , , , , , , , , , , , , , , | Feu un comentari

Guatemala, Hondures i Belize: un viatge que recordarem sempre

Publicat el setembre 11, 2026 per simonjoan

Cada any, en tornar de vacances, faig aquesta entrada gairebé de seguida. Aquest any han passat quinze dies i encara no sabia ben bé com començar-la.

Hem tornat d’un viatge magnífic per Guatemala, Hondures i Belize, tres països que comparteixen una geografia espectacular i una part essencial de la història maia, però que alhora tenen personalitats molt diferents. Ha estat un d’aquells viatges densos, plens de paisatges, ciutats, jaciments arqueològics, carreteres llargues, calor, selva, volcans i petites descobertes quotidianes.

Però també ha estat un viatge que recordarem sempre per una notícia que ens va arribar des de molt lluny de casa i que el va canviar de cop. La mort sobtada (infart fulminant) de la meva sogra mentre érem de vacances al mig de la selva que va fer que els primers dies tinguessin inevitablement un altre color. Potser per això he trigat tant a escriure aquesta entrada.

Guatemala va ser, probablement, el país que més em va impressionar pel paisatge. És difícil escapar-se de la presència dels volcans: alguns perfectament cònics, d’altres actius, molts dominant l’horitzó de pobles i ciutats. Antigua n’és un exemple magnífic. Passejar pels seus carrers colonials amb el volcà d’Agua al fons i els volcans Fuego i Acatenango a prop és una d’aquelles imatges que costa oblidar.

També hi ha una geografia enormement variada: altiplans frescos, selves tropicals, llacs, terres volcàniques i zones més seques. En relativament pocs quilòmetres, el paisatge pot canviar completament.

I després hi ha el món maia.

Tikal és difícil d’explicar amb fotografies. Les grans piràmides que sobresurten per damunt de la selva donen una idea de la dimensió d’aquelles ciutats, però encara impressiona més imaginar-les plenes de gent, places, mercats, cerimònies i activitat política fa més de mil anys. Els maies van desenvolupar una de les cultures més sofisticades de l’Amèrica precolombina, amb escriptura pròpia, astronomia, matemàtiques, calendaris i una arquitectura monumental extraordinària.

A Hondures, Copán ofereix una experiència diferent. Si Tikal impressiona per l’escala i la selva, Copán ho fa pel detall. Les esteles, les escultures i, sobretot, la famosa Escalinata Jeroglífica converteixen el jaciment gairebé en un llibre de pedra. És un lloc on resulta molt fàcil adonar-se que darrere de les ruïnes hi havia persones, dinasties, conflictes i una història política enormement complexa.

Belize, en canvi, ens va mostrar una altra Centreamèrica. Més caribenya i anglosaxona, més petita, amb una combinació curiosa de cultures, llengües i paisatges tropicals. Després de Guatemala i Hondures, el canvi es nota de seguida.

Han estat unes vacances magnífiques, malgrat tot. I potser precisament per això em semblava injust no escriure’n res.

Viatjar acostuma a deixar-nos records de llocs, persones, olors, menjars i paisatges. Però de vegades també queda unit per sempre a allò que estava passant a casa mentre nosaltres érem lluny. Aquest viatge serà inevitablement una barreja de totes dues coses.

Publicat dins de Coses meves | Etiquetat com a , , , , , , , , , , , , , , | Feu un comentari

ChromoDB publica el seu primer conjunt de dades a GBIF

Publicat el juliol 14, 2026 per simonjoan

Avui és un dia important per a mi i per al projecte ChromoDB – Chromosome Database for Plant Cytogenetics: s’ha publicat per primera vegada el conjunt de dades a través de la Global Biodiversity Information Facility (GBIF). El meu projecte de «jubilació».

Aquesta primera versió posa a disposició pública més de 206.000 registres de nombres cromosòmics de plantes, accessibles mitjançant una de les principals infraestructures mundials de dades sobre biodiversitat. Cada registre integra informació cromosòmica, taxonòmica i bibliogràfica i, sempre que ha estat possible, inclou un enllaç a la font original.

A més, cada registre publicat a GBIF incorpora un enllaç directe a la pàgina corresponent de la base de dades ChromoDB, a database.chromodb.net, on es pot consultar informació complementària sobre el tàxon, el nombre cromosòmic, la referència bibliogràfica i el grau de revisió del registre.

Aquesta publicació representa una fita molt significativa en el desenvolupament de ChromoDB. Durant els darrers anys he dedicat una part considerable de la feina a normalitzar els noms taxonòmics, relacionar els registres amb noms acceptats, millorar la traçabilitat bibliogràfica i distingir els recomptes verificats directament en les publicacions originals dels registres que encara requereixen una revisió posterior.

ChromoDB ha estat concebut com un recurs científic en evolució contínua. Per tant, el conjunt de dades s’anirà ampliant, corregint i millorant progressivament a mesura que s’incorporin noves publicacions i es revisin els registres històrics.

La publicació a través de GBIF millora notablement l’accessibilitat, la interoperabilitat i la visibilitat a llarg termini de les dades, i permet disposar d’una versió estable i citable de cada publicació del conjunt de dades. I també, ja tinc un esborrany d’un data paper per presentar previsiblement al setembre a la revista Biodiversity Data Journal.

Consulta el conjunt de dades de ChromoDB a GBIF

Citació recomanada

Simon J, Bosch M, Goncalves E, Blanché C (2026). ChromoDB: chromosome counts database for vascular plants. Version 2.1. Botany Section, Department of Biology, Health and Environment (University of Barcelona). Occurrence dataset. https://doi.org/10.15470/ninpvc

Publicat dins de Objectius, Publicacions | Etiquetat com a , , , , , , , , , , , , , , | Feu un comentari

Nova formació: IA agèntica o la nova frontera que ja és aquí

Publicat el juliol 3, 2026 per simonjoan

El propassat 1 de juliol vaig impartir la sessió de formació «IA agèntica: la nova frontera ja és aquí», adreçada al professorat de la Facultat de Farmàcia i Ciències de l’Alimentació de la Universitat de Barcelona.

La convocatòria -la vuitena- va despertar molt d’interès i la sessió va ser ben lluïda, amb una participació de més de 80 professors/es durant tres hores de presentació, demostracions i debat. L’objectiu era entendre el pas dels models que simplement responen preguntes als nous sistemes capaços de planificar tasques, utilitzar eines, prendre decisions intermèdies i completar processos amb un grau creixent d’autonomia.

També vam abordar-ne els límits i riscos: errors, protecció de dades, confidencialitat, traçabilitat de les fonts i necessitat de supervisió humana. La conclusió principal va ser clara: aquests sistemes no substitueixen el criteri acadèmic, però sí que poden transformar profundament la manera de treballar.

La bona acollida de la jornada confirma l’interès creixent per comprendre, amb rigor i sentit pràctic, una tecnologia que ja comença a canviar la universitat.

Publicat dins de Formació, IA | Etiquetat com a , , , , , , , , , , , | Feu un comentari

Fer visibles les dades: un nou impuls per a ChromoDB

Publicat el juny 24, 2026 per simonjoan

Recordeu ChomoDB, el projecte de «jubilació» per entretenir-me quan arribi l’hora? Doncs aquests tres darrers dies he estat treballant no tant en afegir més dades a ChromoDB, sinó en fer més visible i comprensible la feina ja feta que està molt avançada. Sovint, en projectes científics basats en bases de dades, tenim la temptació de continuar incorporant registres indefinidament, com si el valor del recurs depengués només del volum. Però una base de dades científica també ha de ser trobable, consultable, citable i explicable.

ChromoDB és una base de dades de recomptes cromosòmics de plantes que vol oferir dades citogenètiques curades, normalitzades i traçables. El projecte no consisteix només a reunir números cromosòmics, sinó a vincular-los amb la seva font bibliogràfica, revisar-ne la qualitat, harmonitzar la taxonomia i facilitar-ne la reutilització en estudis de biodiversitat, evolució, biogeografia i conservació. Tot un repte en el futur.

Aquesta darrera setmana he començat a millorar la presència pública del projecte: pàgines de registre més informatives, un dashboard amb les xifres principals de ChromoDB, més visibilitat a LinkedIn i ResearchGate, i una millor connexió amb els materials dipositats a Zenodo. També he fet les proves contra l’IPT de GBIF amb èxit i ben aviat espero estigui disponible en aquetsa immens portal del GBIF.

La lliçó és clara: en ciència, fer la feina no sempre és suficient. També cal explicar-la bé, obrir-la, donar-li context i facilitar que altres investigadors la trobin i la puguin fer servir.

ChromoDB continua creixent, però ara també comença a tenir una presència pública més coherent. Et convido a fer-hi un cop d’ull.

ChromoDB: https://chromodb.net
Dashboard: https://database.chromodb.net/dashboard/

Publicat dins de Recerca | Etiquetat com a , , , , , , , , , , , | Feu un comentari

Dues setmanes intenses parlant d’IA, docència i futur

Publicat el juny 11, 2026 per simonjoan

Aquests dies he acabat dues formacions que m’han deixat cansat, sí, però sobretot satisfet. Han estat dues setmanes intenses, d’aquelles que obliguen a aturar-se, mirar què està passant al nostre voltant i reconèixer que la docència universitària ja no pot continuar fent veure que res no ha canviat.

Hem parlat sobretot d’intel·ligència artificial (IA), però en realitat hem parlat de moltes més coses: d’avaluació, de confiança, de cansament docent, de grups grans, de Campus Virtual, de feedback, de treball autònom, de presencialitat, d’exigència i, sobretot, de com mantenir viu el sentit de l’aprenentatge en un moment en què qualsevol estudiant porta a la butxaca un assistent capaç d’escriure, resumir, programar, traduir, comparar i donar respostes aparentment impecables.

El primer curs, centrat en l’avaluació continuada en temps d’IA certificat per l’IDES de la UAB, ha estat gairebé un exercici de realisme docent. No es tractava de demonitzar la IA ni de celebrar-la acríticament, sinó d’acceptar el xoc de realitat: si només avaluem productes finals digitals, arribem tard. Cal mirar processos, decisions, errors, justificacions, iteracions i capacitat de defensa. Cal recuperar evidències d’aprenentatge que no siguin simplement un text ben escrit. I cal fer-ho, a més, sense carregar encara més una motxilla docent que ja va prou plena.

El segon curs, dedicat al disseny d’assistents d’IA personalitzats certificat per l’IDP de la UB, m’ha semblat especialment estimulant. Aquí el canvi de mirada és molt potent: no es tracta només de “fer servir ChatGPT”, sinó de començar a dissenyar petits sistemes docents. Tutors socràtics, assistents per generar preguntes, creadors de casos, tutors documentals amb NotebookLM, eines de suport per a TFG, simuladors, rúbriques, feedback formatiu… De cop, la IA deixa de ser una joguina espectacular i es converteix en una peça més del disseny docent.

Una de les idees que més m’emporto és aquesta: no hem de preguntar-nos només què pot fer la IA, sinó què volem que continuï fent el professorat. I aquí la resposta és clara. El professorat no desapareix; canvia de lloc i, sobretot, de rol. Potser haurà de corregir menys coses mecàniques, però haurà de dissenyar millor. Potser haurà de perseguir menys trampes, però haurà de construir activitats més significatives. Potser haurà de parlar menys de prohibicions i més de criteri, responsabilitat i traçabilitat.

També m’ha agradat comprovar que el professorat que participa en aquestes formacions no ve només a “aprendre eines”. Ve amb dubtes reals, amb problemes concrets, amb una barreja molt humana d’interès, cansament, escepticisme i ganes de trobar solucions. I això dona molt sentit a la feina. Perquè la formació no ha estat una exhibició tecnològica, sinó una conversa col·lectiva sobre com podem continuar fent bona docència en un escenari que s’ha mogut sota els peus.

Surto d’aquestes dues setmanes amb una convicció més clara: la IA no resoldrà per si sola els problemes de la universitat, però ignorar-la farà els problemes més grans. Ens obliga a repensar l’avaluació, a pujar el llistó de les activitats, a fer més visible el procés d’aprenentatge i a recuperar el valor del contacte humà, del criteri expert i de l’acompanyament «físic» docent.

I, personalment, també surto amb una mica d’orgull. Perquè enmig del soroll, de les presses i de la sensació que tot canvia massa ràpid, hem aconseguit crear un espai per pensar, provar, equivocar-nos, riure una mica i imaginar una docència millor. Que no és poca cosa.

Ara toca continuar amb els «agents». Amb calma, però sense badar. I (probablement) pensar amb una mini-formació per a la meva facultat per d’aquí uns dies

Publicat dins de Formació | Etiquetat com a , , , , , , , , , , , , , , , , , , , | Feu un comentari

Jardins universitaris, patrimoni viu i innovació docent: el GIBAF a la REPU 2026

Publicat el maig 25, 2026 per simonjoan

Aquesta setmana el nostre grup ha participat a la III Trobada Nacional de Col·leccions Patrimonials Universitàries, organitzada per la Red Española de Patrimonio Universitario i acollida per la Universitat de Barcelona els dies 20 i 21 de maig de 2026. La trobada ha reunit experiències molt diverses al voltant de la documentació, conservació, digitalització i difusió del patrimoni universitari.

En aquest marc, el nostre company, en Cèsar Blanché, va presentar la comunicació “Eines digitals de gestió i de suport a la difusió de la Col·lecció de plantes vives del Jardí Ferran Soldevila de la UB. Recorregut virtual 3D als jardins universitaris”, signada per Cèsar Blanché, Maria Bosch, Estefany Goncalves i jo mateix en representació del Grup d’Innovació Docent de Botànica aplicada a les Ciències Farmacèutiques —GIBAF—.

La comunicació posava en valor una idea que per a nosaltres és central: els jardins universitaris no són només espais verds ornamentals, sinó col·leccions vives, recursos docents, espais de salut, refugis climàtics i patrimoni universitari en sentit ple. En el cas del Jardí Ferran Soldevila, aquest valor és encara més evident pel seu caràcter històric, pel seu reconeixement com a col·lecció patrimonial de la UB i pel seu ús continuat com a espai d’aprenentatge.

La presentació va estructurar quinze anys d’experiència del GIBAF al voltant de tres línies principals. La primera és el treball de catalogació, senyalització i elaboració de fitxes web de les espècies del jardí, amb participació dels estudiants en activitats d’aprenentatge servei. Aquesta dimensió és especialment interessant perquè els estudiants no només aprenen botànica: contribueixen a fer visible, ordenat i accessible un patrimoni que forma part de la universitat.

La segona línia és més discreta però essencial: la gestió del reg. En una col·lecció de plantes vives, la primera obligació patrimonial és que les plantes continuïn vives. El context de sequera dels darrers anys ha fet evident la necessitat de sistemes més racionals, programables i sostenibles, capaços de reduir consum d’aigua i de facilitar la feina de manteniment sense perdre de vista la conservació de la col·lecció.

La tercera línia, i probablement la més visible des del punt de vista docent, és el projecte de visita virtual 3D en 360 graus. A partir d’imatges obtingudes amb una càmera Insta360 X4, s’ha creat un recorregut virtual pel jardí de la Facultat de Farmàcia i Ciències de l’Alimentació, integrat a la plataforma Kuula, amb punts de recorregut, etiquetes, codis de color i enllaços a informació botànica complementària. El projecte ha estat concebut com una experiència pilot de suport a la docència de Botànica Farmacèutica, però també com una alternativa més sostenible, actualitzable i menys vulnerable que la senyalització física tradicional.

Un aspecte que em sembla especialment rellevant és que la proposta va despertar interès més enllà de la botànica. Després de la comunicació, companys d’altres àmbits patrimonials universitaris, com les col·leccions de Ciències de la Terra, es van interessar pel model de participació dels estudiants i pel seu possible encaix en activitats d’aprenentatge servei. Aquest és, probablement, un dels millors indicadors que el projecte pot tenir recorregut: quan una experiència nascuda en un jardí botànic universitari pot inspirar altres col·leccions i altres disciplines.

Personalment, crec que aquesta mena de projectes mostren molt bé cap on pot evolucionar la innovació docent universitària quan es vincula amb problemes reals: catalogar, preservar, explicar, fer accessible i actualitzar un patrimoni viu. No es tracta només d’afegir tecnologia a una activitat clàssica, sinó de repensar com els estudiants poden aprendre mentre contribueixen a un servei útil per a la institució i per a la societat.

La presentació a la REPU 2026 ha estat, doncs, una bona oportunitat per explicar una trajectòria col·lectiva, però també per constatar que els jardins universitaris poden ocupar un lloc propi dins el patrimoni acadèmic: com a espais de memòria, de biodiversitat, de docència i d’innovació.

Publicat dins de Innovació Docent, Jornades | Etiquetat com a , , , , , , , , , , , , , , | Feu un comentari